虽然保税区与自由交易区都起到相似自由港的效果，但在敞开程度、功用设计以及监督管理等方面还存在着较大差异。

  一是保税区在海关的特别监管范围内，货品入区前须在海关挂号，保税区货品进出境内、境外或区内活动有不同的税收约束；而自由交易区是在海关辖区以外的、无交易约束的关税豁免区域。

  二是保税区的货品存储有时间约束，一般为2～5年；而在自由交易区内，货品存储期限不受约束。

  三是因为保税区内的货品是“暂不纳税”，对货品选用账册管理方式；而在自由交易区，首要考虑货畅其流为门槛，大都自由交易区采纳门岗管理方式，运作手续更为简化，交易成本更低。

  四是现在许多保税区的功用相对单一，首要是起中转寄存的效果，对周边经济带动效果有限；而自由交易区一般是物流集散中心，大进大出，加工交易比较发达，对周边区域具有强壮的辐射效果，能带动区域经济的开展。